Henrichemont
et
Boisbelle

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Néanmoins, après le massacre de Wassy le 1er mars 1562, les protestants prennent les armes, avec, à leur tête, le prince de Condé. De nombreuses villes tombent temporairement entre leurs mains. Ils sont battus à Dreux par le duc de Guise le 19 décembre 1562. Tandis que Louis de Condé est fait prisonnier, le chef de l'armée catholique, Montmorency, est capturé par les protestants. Le 4 février 1563, François de Guise met le siège devant Orléans, et y meurt le 24 février de trois coups de pistolet dans le dos. Le 19 mars, avec le traité d'Amboise, une première paix fragile est établie. Le 17 août de la même année, Charles IX est déclaré majeur, mais la reine mère continue d'exercer le pouvoir en son nom.

La paix d’Amboise

L’édit de pacification d’Amboise ne satisfait personne, et a du mal à être appliqué : il interdit le culte réformé dans les villes, alors que les protestants sont majoritaires dans de nombreuses places importantes, et sont maîtres de plusieurs provinces.

En mars 1564, débute un grand tour de France organisé par la reine mère, pour montrer le roi à ses sujets et faire connaître son royaume au roi. Il permet aussi de pacifier le Royaume. L’itinéraire passe par les villes les plus agitées du Royaume : Sens, Troyes en Champagne.

Le cortège sort de France le 30 avril 1564 pour se rendre à Bar-le-Duc, capitale du duché de Bar, où il séjourne du premier au 9 mai 1564. .  Le roi d'Espagne, qui règne également sur les Pays-Bas espagnols, se fait représenter par le comte de Mansfeld, seigneur de Ligny et gouverneur du duché de Luxembourg voisin. Catherine de Médicis, bien que confortée d'avoir réuni son fils Charles avec sa fille préférée Claude, manque son rendez-vous avec sa fille aînée, la reine d'Espagne Élisabeth.

Ensuite, le cortège royal se rend dans le comté de Ligny en Barrois sur les confins lorrains, puis à Dijon le 19 mai 1564, Mâcon, ville stratégique sur la Saône, et la vallée du Rhône : Roussillon, Valence, Montélimar, Avignon dans les États pontificaux.

C'est dans le château Renaissance de Roussillon que Charles IX signe l'édit de Roussillon dont un article instaure le 1er janvier comme le premier jour de l'année dans tout le royaume de France.

Après une halte de trois semaines, le «tour de France» continue vers Salon-de-Provence — où la reine mère retrouve son astrologue Nostradamus — puis Aix-en-Provence, siège du parlement de Provence. La suite royale arrive à Hyères pour la Toussaint 1564, passe ensuite par Toulon et Marseille, où le peuple l’accueille en faisant la fête, et quitte la Provence pacifiée.

Dans le Languedoc, le jeune roi passe à Montpellier, Narbonne, Toulouse. Dans les villes protestantes de Gascogne, il est accueilli respectueusement, sans plus. À Montauban, où l’entrée se fait le 20 mars 1565, il faut négocier le désarmement de la ville, qui avait résisté à trois sièges de Monluc. Toulouse et Bordeaux sont plus tranquilles, étant aux mains des catholiques.

Le grand tour fait une excursion à Bayonne (14 juin 1565) par Mont-de-Marsan ; la reine mère s'y trouve pour deux raisons : revoir la reine d'Espagne, sa fille Élisabeth, épouse du roi Philippe II, et négocier un traité avec l’Espagne, négociation qui échoue.

En juillet 1565, la Gascogne est à nouveau traversée, puis en août et septembre, la vallée de la Charente. Dans ces régions à forte majorité protestante, la paix est extrêmement fragile, et les protestants appliquent non sans réticences l’édit d'Amboise. Cependant, partout, le plus grand loyalisme est témoigné au roi. Les seules anicroches sont à La Rochelle (dernière entrée d'un roi de France avant 1627), où les protestants se montrent mécontents, et à Orléans, où le convoi est accueilli par une émeute.

En 1566, le roi s'arrête enfin à Moulins, où sont décidées plusieurs réformes. Sur la proposition du chancelier Michel de L'Hospital, l'édit de Moulins règle les successions et déclare le domaine royal inaliénable.

La reprise des hostilités, puis la paix de Saint-Germain

En juin 1566 à Pamiers, malgré la pacification royale, les hostilités reprennent et les protestants assaillent les églises catholiques. La répression catholique est féroce : 700 calvinistes sont massacrés à Foix.

En août 1567, les protestants mettent au point un plan pour enlever le roi et sa mère. Ces derniers se réfugient à Meaux le 24 septembre, ce qui vaut à la conspiration de prendre le nom de «surprise de Meaux».

À Nîmes puis dans tout le Languedoc, le 29 septembre 1567, jour de la Saint-Michel, est marqué par la Michelade : des notables catholiques sont sauvagement assassinés. À la tête des troupes protestantes, le prince de Condé et Gaspard II de Coligny arrivent aux portes de Paris.

Les protestants sont battus à Saint-Denis par le connétable de Montmorency le 10 novembre 1567, à Jarnac et à Moncontour par le duc d'Anjou. La paix est finalement signée entre Condé et Catherine de Médicis à Longjumeau le 23 mars 1568, confirmée par la paix de Saint-Germain-en-Laye en 1570.

Le 25 septembre 1568, à Saint-Maur, Charles IX promulgue un édit qui exclut de l’Université et des offices de judicature les membres de la religion réformée3.

Mariage

Charles IX se rapproche diplomatiquement de l'Angleterre et du Saint-Empire germanique. Certains verraient bien le roi de France ceindre un jour la couronne impériale. Le 27 novembre 1570, Charles IX épouse à Mézières Élisabeth d'Autriche4, fille de Maximilien II (1527-1576), empereur romain germanique, et de Marie d'Autriche (1528-1603), infante d'Espagne. En mars 1571, la reine et le roi font leur entrée à Paris. .

De cette union est issue une fille qui mourra jeune, Marie-Élisabeth de France (1572-1578). Par ailleurs, le roi a entretenu durant huit ans sa favorite, tolérée par Catherine de Médicis, la célèbre Marie Touchet (1549-1638), dame de Belleville, laquelle lui a donné un fils illégitime, Charles de Valois-Angoulême (1573-1650) qui sera titré comte d'Auvergne en 1589, puis duc d'Angoulême en 1619.

Ainsi, Charles IX est le seul parmi les cinq fils d'Henri II et Catherine de Médicis à avoir engendré une descendance.

Tandis que le roi passe son temps à chasser, la reine mère poursuit la réconciliation entre catholiques et protestants. À l'automne 1571, l'amiral Gaspard de Coligny rencontre le roi pendant quelques jours.

Affaiblissement de la France 

Le 7 octobre 1571 a lieu la bataille de Lépante à laquelle la France n'a pas pris part, si ce n'est par l'envoi de quelques volontaires auprès des vaisseaux de Malte ou de Nice. Les armées françaises étant occupées par leurs propres conflits internes, elles ne protégeaient que difficilement les intérêts nationaux à l'international.

Pire encore, le rivage méditerranéen français est régulièrement soumis aux razzias esclavagistes du Bey d'Alger, Uluç Ali Paça, sans que les troupes royales puissent intervenir efficacement.

La victoire des armes chrétiennes à Lépante avec cette faible participation de la France aura pour conséquence l'éviction de la flotte française de Méditerranée et une perte de confiance des Autrichiens, Florentins, Lombards, Maltais ou Espagnols envers la couronne de France.

Le massacre de la Saint-Barthélemy

Le mariage de la sœur du roi, Marguerite, avec un jeune prince protestant, le roi de Navarre, futur Henri IV, semble être le gage d'une réconciliation durable ; mais le 22 août 1572, quelques jours après le mariage, a lieu un attentat contre le chef du parti des huguenots, Gaspard II de Coligny. Craignant un soulèvement, Charles IX décide, probablement très influencé par sa mère Catherine de Médicis et ses conseillers, l'élimination des chefs protestants, à l'exception de quelques-uns, parmi lesquels les princes du sang, Henri de Navarre et le prince de Condé.

Cette décision déclenche le massacre de la Saint-Barthélemy (le 24 août 1572), qui fait des milliers de morts, probablement trente mille, à Paris et dans plusieurs grandes villes de France. Déterminé à maintenir l'ordre, le roi ordonna l'arrêt des massacres dès le matin du 24 août 1572, mais ses multiples appels au calme furent très souvent transgressés6. Une folie meurtrière s'empare de tout le Royaume.

Ce massacre marque un tournant dans le règne de Charles IX. L'abandon de l'édit de Saint-Germain et les exactions commises par l'entourage royal lui font définitivement perdre la confiance des protestants. Après ces événements, la monarchie entend venir à bout du protestantisme. La guerre reprend et débouche sur le siège de La Rochelle.

À cause de son caractère inattendu et déroutant, le massacre de la Saint-Barthélemy a depuis toujours fait l'objet de débats. Il s'agissait pour les historiens de déterminer la responsabilité du roi. Il a longtemps été cru que le massacre avait été préparé et provoqué par lui-même, mais une responsabilité collective du roi, de ses conseillers, de sa mère et de son frère Henri, duc d'Anjou paraît plus probable.

Maladie et mort du roi

La santé physique du roi a toujours été médiocre. Après ces dramatiques événements, le roi décline peu à peu.

Début 1574, à deux reprises, un complot (la Conjuration des Malcontents) fomenté contre lui et sa mère pour faire monter son frère cadet François, duc d'Alençon sur le trône est déjoué par Catherine de Médicis ; ces tumultes finissent d'affaiblir le roi qui se réfugie au château de Vincennes, où il s'alite.

La fièvre ne le quitte plus, sa respiration se fait difficile ; il meurt le dimanche 30 mai 1574, jour de la Pentecôte, un mois avant son 24e anniversaire après 13 ans de règne. Dès le lendemain, à la suite de rumeurs d'empoisonnement, Ambroise Paré procède à une autopsie et confirme que le roi est mort d'une pleurésie faisant suite à une pneumonie tuberculeuse.

À l'annonce de son décès, son frère, le duc d'Anjou, parti pour Cracovie en automne 15739 à la suite de son élection comme roi de Pologne10, délaisse la couronne polonaise et rentre en France où il devient Henri III.

Veuve à 20 ans, la jeune reine, Élisabeth d'Autriche, refusant tout remariage, rentre en Autriche dès 1576 et se retire près d'un couvent de clarisses qu'elle avait fondé. Leur fille, Marie-Élisabeth de France, meurt en 1578, quatre ans après la mort de Charles IX.